后来张之洞调任京师,擢升体仁阁大学士、军机大臣。湖广总督一职,由陈夔龙接任。陈夔龙的夫人是浙江的名门望族,是庆王府奕匡的福晋的干女儿。其时,陈夔龙由江苏巡抚调任四川总督,但是,陈夔龙的四川总督并没有真正上任就被调任湖广总督。原来,他夫人听说四川道远路途艰险,又是贫乏之地,便明确表态不让陈赴任。陈夔龙无奈,怄不过夫人,只好又求助于“老泰山”奕匡,在奕匡的帮助下调任湖广总督,让赵尔巽任四川总督。后人评论,“以一女子之爱憎牵动数省督、抚,当时用人之得失盖可睹矣!”清政府高层的昏庸腐败由此可见一斑。
新任总督陈夔龙到任不久,其幼女便不幸夭折了。贪财的陈氏夫妇有意趁机敛财,后来担任新军第八镇统制的张彪趁机大献殷勤,在湖北军政各部门广为活动,硬是搞到了十几万两银子买了一件珠衣为之送葬。而黎元洪却很反感官场上趋炎附势之行径,在他的上司张彪大肆向总督表忠心,其他同僚也纷纷用重金孝敬总督之际,他这个正需要提拔的协统却仅凑上寥寥五块银元略表了心意。
可是,在陈夔龙为小女大办丧事不久,湖北地区遭受了一场罕见的洪涝灾害,黎元洪毅然带着全家人到汉口慈善总会慷慨捐款3000块银元(他当时月薪为500块银元,3000元是他整整半年的工资)。陈夔龙自然对黎元洪怀恨在心,曾多次找借口向清廷弹劾黎元洪。只是一直未见朝廷批复,而且又考虑到黎元洪在军中颇孚众望,惟恐搬掉了黎引起军人哗变而丢了自己的乌纱帽,陈夔龙才悻悻作罢。
黎元洪对上级不卑不亢,对下级却关爱有加。1903年黎元洪军中招了一名家住宜昌的新兵张之善,黎元洪到现场亲自考核了一番,发现张的文墨还不错,在与他攀谈之后才知,原来张是一名穷秀才,债台高筑,家里还有一位年迈的老母。为生活所迫,他才来到军营。黎元洪见张难得有一片孝心,当即慷慨解囊把身上仅有的上10块银元交给秀才手中,希望他好好孝敬老母。事隔不久,张秀才母亲因下雪天上山砍柴,不幸摔下悬崖身亡。黎元洪得知后,亲自到军营,再掏腰包80元作为奠银,让秀才尽快返乡葬母。由于后来张秀才表现出众,黎元洪还推荐他上了陆军学堂。
在武昌起义之初,黎元洪也以廉洁自律着称。当时,他与军政府的职员一样,每月只支20元的生活费。正在这时,海军提督萨镇冰奉命率海军来汉镇压民军,他听了手下人员的如此报告后,心里产生了强烈的震撼。
黎元洪还经常住在军营,很感知士兵的疾苦,对待士兵十分爱惜体贴,使他在士兵中赢得了崇高的威望。章太炎在《大总统黎公碑》中赞之:“治军严仁,不滥费军需一钱,有余,即以逮士卒……”